L'Etat et les organismes qui s'associent à la gestion du parc naturel marin veillent à la cohérence de leurs actions et des moyens qu'ils y consacrent, dans le respect des orientations de gestion suivantes :
1° Protéger le patrimoine naturel, particulièrement les tortues, les récifs coralliens et les mammifères marins, notamment par une surveillance maritime adaptée aux enjeux et la sensibilisation des acteurs et des usagers ;
2° Faire des eaux des Glorieuses un espace d'excellence en matière de pêches durables (côtières et hauturières) ;
3° Faire de cet espace un lieu privilégié d'observation scientifique de la biodiversité marine du canal du Mozambique pouvant intégrer des observatoires pour contribuer à l'amélioration des connaissances ;
4° Encadrer les pratiques touristiques et accompagner le développement d'un écotourisme respectant le caractère préservé de cet espace.