Le conseil de gestion est composé de :
1° Cinq représentants de l'Etat :
a) Le secrétaire général des Terres australes et antarctiques françaises, disposant de deux voix ;
b) Le chef de district des Eparses, disposant de deux voix ;
c) Un chef de service de l'administration des Terres australes et antarctiques françaises désigné par le préfet, administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises, disposant de deux voix ;
d) Le directeur de la mer du sud de l'océan Indien ;
e) Le commandant de la zone maritime du sud de l'océan Indien.
2° Quatre représentants des organisations représentatives des professionnels :
a) Un représentant de la pêche hauturière ;
b) Deux représentants de la pêche artisanale mahoraise ;
c) Un représentant des activités professionnelles de nautisme.
3° Trois représentants d'associations de protection de l'environnement :
a) Un représentant d'une association nationale ;
b) Un représentant d'une association intervenant pour la protection de l'environnement en océan Indien ;
c) Un représentant d'une association mahoraise, désigné sur proposition du préfet de Mayotte.
4° Sept personnalités qualifiées :
a) Quatre personnalités choisies au sein du conseil consultatif des Terres australes et antarctiques françaises, à l'exclusion des représentants de l'Etat siégeant à ce conseil ;
b) Trois personnalités choisies au sein de la communauté scientifique :
― un spécialiste des récifs coralliens ;
― un spécialiste en halieutique ;
― un spécialiste des mammifères marins ou des tortues.
5° Le président du conseil de gestion du parc naturel marin de Mayotte.

Le préfet, administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises, et le préfet de La Réunion nomment, par arrêté conjoint, les membres du conseil de gestion mentionnés aux 2° à 4° de l'article 2.
Ils nomment, dans les mêmes conditions, un suppléant pour chacun des membres mentionnés aux 2° et 3° de l'article 2. Les membres mentionnés aux 1° et 5° de l'article 2 peuvent se faire représenter par un membre du service ou de l'organisme auquel ils appartiennent. Les personnalités qualifiées mentionnées au 4° de l'article 2 peuvent donner mandat à un autre membre du conseil de gestion.

Le préfet, administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises, et le préfet de La Réunion exercent les fonctions mentionnées à l'article R. 334-35 du code de l'environnement.