La caisse gestionnaire contrôle les factures après leur règlement par la caisse de paiement unique. En cas d'anomalie de facturation justifiant le remboursement des sommes payées, elle notifie l'indu à l'établissement.
Le remboursement de l'indu fait l'objet d'un virement bancaire à la caisse gestionnaire. Lorsque l'indu concerne un établissement public de santé, ce virement est effectué en exécution d'un titre d'annulation ou d'un mandat de dépense émis par l'ordonnateur selon que l'indu porte sur un encaissement de l'exercice courant ou un encaissement d'un exercice antérieur.