En cas de mutation, l'agent bénéficie du taux de prime correspondant à sa nouvelle affectation à la date de sa mutation. Toutefois, lorsque ce taux est inférieur à celui qu'il détenait précédemment, il peut bénéficier, à titre dérogatoire, du maintien de son ancien taux.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'aviation civile, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique fixe les modalités, la liste des emplois ouvrant droit à ce maintien ainsi que sa durée.