Pour l'exercice de ses attributions, le ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche a autorité sur la direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle, sur la direction générale de la recherche et de l'innovation, sur l'inspection générale des bibliothèques et sur le bureau du cabinet.
Il a autorité, conjointement avec le ministre de l'éducation nationale, de la jeunesse et de la vie associative, sur le secrétariat général mentionné à l'article 1er du décret du 17 mai 2006 susvisé, sur l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche ainsi que sur le médiateur de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur et sur le haut fonctionnaire de défense et de sécurité.
Il a autorité, conjointement avec le ministre de l'économie, des finances et de l'industrie, sur la délégation aux usages de l'internet.
Pour l'exercice de ses attributions, il dispose, en tant que de besoin, de la direction générale de l'enseignement scolaire.
Il peut faire appel à l'inspection générale de l'éducation nationale, à la direction générale des médias et des industries culturelles et à la direction générale de la modernisation de l'Etat.