Outre les missions qu'elle exerce au titre des attributions confiées à son directeur par l'article 2, l'Ecole du Val-de-Grâce organise les formations spécialisées, complémentaires et continues, des officiers, des élèves officiers de carrière et des sous-officiers qui lui sont confiés.
Elle comprend des départements d'enseignement et de formation, des services administratifs et des organismes rattachés. Un arrêté du ministre de la défense en fixe l'organisation et le fonctionnement.

Un conseil de coordination de la formation, un collège des professeurs et un conseil d'instruction assistent le directeur de l'Ecole du Val-de-Grâce, dans l'exercice de ses attributions.
Le conseil de coordination de la formation élabore les grandes orientations pédagogiques dans le domaine des formations initiales, continues et d'adaptation à l'emploi.
Le collège des professeurs est chargé de proposer les modalités de la formation, d'élaborer les programmes pédagogiques et leur mise en œuvre. Il veille au maintien de la capacité de formation des services agréés.
La composition et la désignation des membres du conseil de coordination de la formation et du collège des professeurs sont précisées par arrêté du ministre de la défense.

Le conseil d'instruction examine la situation des élèves dont les résultats sont insuffisants et propose leur maintien à l'école ou leur exclusion avec résiliation de leur contrat.
Il est présidé par un membre du conseil de coordination de la formation mentionné à l'article 5 et comprend, outre son président, quatre officiers ou sous-officiers de carrière. La composition et la désignation des membres sont précisées par arrêté du ministre de la défense.
Il est convoqué par le directeur de l'école qui en fixe l'ordre du jour et se réunit à huis clos. L'élève dont la situation est examinée est convoqué par le conseil et peut y être assisté par un officier, un élève officier ou un sous-officier de son choix.
Le médecin-chef de l'école ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président y siègent avec voix consultative.
Le conseil rend son avis à la majorité des voix. En cas d'égalité, celle de son président est prépondérante. Cet avis est transmis, accompagné de l'avis du directeur de l'Ecole du Val-de-Grâce, pour décision, au ministre de la défense.