Le président de la fondation est ordonnateur secondaire des recettes et des dépenses de la fondation. Il peut déléguer sa signature à un ou plusieurs membres du bureau. Les comptes sont tenus selon les règles applicables aux comptes des fondations.
L'agent comptable de l'établissement qui abrite la fondation recouvre les recettes et effectue les paiements relatifs aux activités de la fondation.
Le conseil d'administration de l'établissement qui abrite la fondation nomme, après avis du conseil de gestion de la fondation universitaire, au moins un commissaire aux comptes et un suppléant ; ceux-ci peuvent être également le commissaire aux comptes de l'établissement et son suppléant.