Le centre est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.

Les recettes du centre national de gestion comprennent :

1° Les subventions, avances, fonds de concours et dotations de l'Etat, ainsi que, le cas échéant, d'autres collectivités publiques ;

2° Une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie dont le montant est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale, au vu de la délibération par laquelle le conseil d'administration du centre adopte le budget de l'exercice considéré. Cette dotation est révisée selon les mêmes modalités.

Elle est versée au centre par la caisse primaire du régime d'assurance maladie des travailleurs salariés dans la circonscription de laquelle se trouve le siège de l'établissement.

L'arrêté fixant ou révisant la dotation globale est notifié au centre, à la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés et à la caisse primaire chargée du versement de la dotation globale.

A défaut de notification du montant de la dotation globale avant le 1er janvier de l'exercice concerné, la caisse primaire d'assurance maladie verse au centre, jusqu'à ce que la décision lui soit notifiée, des acomptes mensuels dont le montant est égal à un douzième de la dotation globale de l'année précédente ; il est, après notification du montant de la dotation globale, procédé à une régularisation selon les modalités fixées au deuxième alinéa du présent article.

3° (Abrogé) ;

4° Le produit des redevances pour services rendus ;

5° Les produits divers, dons et legs.

Les dépenses du centre national de gestion comprennent les frais de personnel, de fonctionnement et d'investissement ainsi que, d'une manière générale, toutes celles que justifie l'activité de l'établissement.