La commission est présidée par un des membres appartenant à l'un des collèges mentionnés aux 1° et 2° de l'article 3. Le président est nommé par arrêté du ministre chargé des mines.
Le secrétariat de la commission est assuré par le directeur de l'action régionale, de la qualité et de la sécurité industrielle ou son représentant nommé par arrêté du ministre chargé des mines. Il prépare ses travaux et ses délibérations. Il participe aux réunions de la commission avec voix consultative. Il en établit le compte rendu, qui est soumis à l'approbation du président.