L'Agence nationale des titres sécurisés est soumise au régime financier et comptable défini par les dispositions des décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés.
L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat prévu par le décret du 4 juillet 2005 susvisé.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint des ministres de l'intérieur et du budget.

Les ressources de l'agence comprennent :
1° La fraction du produit du droit de timbre et des taxes perçus en application de l'article 953 du code général des impôts, déterminée par l'article 46 de la loi du 21 décembre 2006 de finances pour 2007 ;
2° Les versements des administrations de l'Etat avec lesquelles l'agence passe les conventions mentionnées à l'article 2 ;
3° Les rémunérations des prestations mentionnées au dernier alinéa de l'article 2 ;
4° Les subventions, avances, fonds de concours et autres contributions de l'Etat, des institutions européennes, des collectivités territoriales, des établissements publics et de tout organisme public ou privé ;
5° Le produit résultant des ventes effectuées dans le cadre de ses missions et des droits de propriété intellectuelle ;
6° Les emprunts ;
7° Le produit des cessions et participations ;
8° Les produits financiers résultant du placement de ses fonds ;
9° Les produits des biens meubles et immeubles ;
10° Les dons et legs ;
11° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les charges de l'agence comprennent :
1° Les frais de personnel qui ne sont pas pris en charge par l'Etat ;
2° Les frais de fonctionnement et d'équipement ;
3° Les impôts et contributions de toute nature ;
4° D'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'agence.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par le directeur de l'agence, avec l'accord de l'agent comptable et de l'autorité chargée du contrôle financier. Elles sont soumises aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.