L'Agence nationale des titres sécurisés est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur.

Le conseil d'administration comprend, outre son président :
1° Dix-huit membres de droit :
a) Le secrétaire général du ministère de l'intérieur ;
b) Le directeur de la modernisation et de l'action territoriale au ministère de l'intérieur ;
c) Le directeur des systèmes d'information et de communication au ministère de l'intérieur ;
d) Le directeur général de la police nationale ;
e) Le directeur des libertés publiques et des affaires juridiques au ministère de l'intérieur ;
f) Le directeur général de la gendarmerie nationale ;
g) Le secrétaire général de la défense nationale ;
h) Le secrétaire général du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie ;
i) Le directeur du budget au ministère chargé du budget ;
j) Le directeur général des douanes ;
k) Le secrétaire général du ministère des affaires étrangères ;
l) Le directeur des Français à l'étranger et des étrangers en France au ministère des affaires étrangères ;
m) Le directeur général de l'administration au ministère des affaires étrangères ;
n) Le directeur des systèmes d'information au ministère des affaires étrangères ;
o) Le secrétaire général du comité interministériel de contrôle de l'immigration ;
p) Le secrétaire général du ministère des transports, de l'équipement, du tourisme et de la mer ;
q) Le secrétaire général du ministère de la justice ;
r) Le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales ;
2° Deux représentants du personnel de l'agence, élus pour trois ans dans les conditions fixées par un arrêté du ministre de l'intérieur, ou leurs suppléants, élus dans les mêmes conditions.
Les membres de droit peuvent se faire représenter.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur proposition du ministre de l'intérieur, pour une durée de trois ans renouvelable une fois.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président, qui arrête l'ordre du jour après avis du directeur de l'agence.
Il est également convoqué par son président à la demande du ministre de l'intérieur, du ministre des affaires étrangères ou de la majorité de ses membres.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour ouvrent droit à remboursement dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration règle, par ses délibérations, les affaires de l'agence. Les délibérations portent notamment sur :
1° Les orientations générales de l'agence, son programme annuel d'activité et d'investissement ainsi que le projet de contrat d'établissement mentionné à l'article 3 ;
2° Le rapport annuel d'activité ;
3° Le budget primitif et ses modifications ;
4° Le compte financier, l'affectation du résultat de l'exercice et l'utilisation du fonds de réserve ;
5° Les emprunts ;
6° Les prises, extensions et cessions de participations ;
7° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération des personnels ;
8° L'organisation générale des services ;
9° Les baux, locations, acquisitions et aliénations d'immeubles ;
10° Les dons et legs ;
11° Les actions en justice et les transactions ;
12° Les modalités générales de passation des conventions et des marchés, notamment la composition et le fonctionnement des jurys et des commissions d'appel d'offres, les conventions ou marchés qui, en raison de leur nature ou de leur montant financier, doivent lui être soumis pour approbation et ceux dont il délègue la responsabilité au directeur.
Il arrête son règlement intérieur.
Le directeur de l'agence, l'autorité chargée du contrôle financier et l'agent comptable assistent au conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut appeler à participer aux séances, à titre d'expert, toute personne dont il juge la présence utile.

Les délibérations du conseil d'administration portant sur les objets mentionnés aux 1°, 3°, 4°, 5°, 6°, 7°, 9° et 10° de l'article 8 sont exécutoires de plein droit un mois après leur réception par les ministres de l'intérieur et du budget, si aucun d'eux n'a fait connaître d'opposition dans ce délai.
Les délibérations du conseil d'administration relatives à un titre délivré par une administration sont exécutoires de plein droit un mois après leur réception par le ministre intéressé, s'il n'a pas fait connaître d'opposition dans ce délai.
Les autres délibérations sont de plein droit exécutoires quinze jours après leur réception par le ministre de l'intérieur, s'il n'a pas fait connaître d'opposition dans ce délai.

Le directeur de l'agence est nommé par décret, sur proposition du ministre de l'intérieur.

Le directeur dirige l'agence. A ce titre :
1° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'agence et en assure la gestion. Il recrute les personnels contractuels et nomme à toutes les fonctions ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'agence ;
4° Il conclut les conventions et marchés se rapportant aux missions de l'agence ;
5° Il représente l'agence en justice et dans les actes de la vie civile ;
6° Il établit chaque année le rapport d'activité scientifique, administratif et financier et prépare le contrat d'établissement mentionné à l'article 3 ;
7° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature aux chefs de service de l'agence. Ceux-ci, dans la limite des délégations qui leur sont consenties, peuvent subdéléguer leur signature dans les conditions fixées par décision du directeur.