Une dépense est éligible à une participation des fonds structurels si elle a été effectivement payée entre le 1er janvier 2007 et le 31 décembre 2015 et correspond à une opération inscrite dans le programme opérationnel au titre duquel un concours financier de l'Union européenne est attendu, sous réserve que l'opération concernée ne soit pas terminée à la date de dépôt du dossier complet de demande d'aide sauf réglementations communautaires spécifiques issues de l'article 87 du traité.
Les projets déposés ou réalisés entre le 1er janvier 2007 et l'adoption du programme peuvent être retenus lors des premiers comités de programmation s'ils respectent toutes les obligations communautaires et nationales, y compris pour les dépenses réalisées avant l'approbation du programme opérationnel.

Seules les opérations contribuant aux objectifs de cohésion économique et sociale sur le territoire national et dont le bénéficiaire est situé sur ce territoire sont éligibles.
Les opérations cofinancées relevant d'un programme régional ou d'un volet régional d'un programme national concernent la région sur laquelle elles portent effets.
Les opérations cofinancées relevant d'un programme plurirégional ou d'un volet plurirégional d'un programme régional concernent les territoires d'intervention (bassins fluviaux ou massifs) sur lesquels elles portent effets.
Au titre des programmes FSE, les opérations relevant de la transnationalité sont éligibles, y compris lorsqu'elles sont exécutées dans un autre Etat membre de l'Union européenne, dans les conditions fixées au premier alinéa du présent article.

La contribution des fonds structurels au programme opérationnel s'applique aux dépenses totales éligibles et justifiées.
Le montant final de l'aide européenne dû au bénéficiaire après exécution de l'opération tient compte, dans le respect du taux maximum d'aides publiques fixé par les règlements communautaires et nationaux, des dépenses réelles dûment justifiées et de toutes les ressources effectivement perçues.
Le montant ainsi déterminé est limité au montant de l'aide communautaire prévue.

Les dépenses réelles justifiées par les bénéficiaires correspondent à des paiements justifiés par des factures acquittées ou par des factures auxquelles sont jointes des pièces permettant de vérifier le paiement effectif aux créanciers ou par des pièces comptables de valeur probante équivalentes.
Les dotations aux provisions, les charges financières autres que celles éligibles aux conditions fixées par l'article 7 du présent décret ainsi que les charges exceptionnelles ne sont pas éligibles.
Les dépenses de rémunération, les charges d'amortissement, les contributions en nature et les coûts indirects (frais généraux) constituent des dépenses éligibles aux conditions suivantes :

1. Dépenses de rémunération.
   Les dépenses de rémunération supportées par le bénéficiaire, nécessaires à la réalisation de l'opération et comportant un lien démontré avec celle-ci, sont éligibles. Elles sont justifiées par des bulletins de salaires, le journal de paye ou la déclaration annuelle des données sociales (DADS).
   Sont compris dans les dépenses de rémunération les salaires et les charges liées (cotisations sociales patronales et salariales) ainsi que les traitements accessoires prévus aux conventions collectives ou au contrat de travail.
   Ces dépenses sont proportionnées au temps effectivement passé par les salariés du bénéficiaire à la réalisation de l'opération cofinancée ou sont établies au moyen de toute autre clé de répartition permettant le calcul des dépenses de rémunération réellement liées à l'opération cofinancée.
2. Charges d'amortissement.
   Les charges d'amortissement des biens mobiliers ou immobiliers, au prorata de leur durée d'utilisation pour la réalisation de l'opération, sont éligibles dans la mesure où des aides publiques n'ont pas déjà contribué à l'acquisition de ces biens. Elles sont calculées selon les normes comptables admises et justifiées par la présentation de tout document comptable probant.
   Les charges d'amortissement des biens mobiliers ou immobiliers des organismes publics tels que définis à l'article 9 du présent décret sont éligibles au prorata de leur durée d'utilisation pour la réalisation de l'opération. Elles sont calculées selon les normes comptables admises et justifiées par la présentation de tout document comptable probant.
3. Contributions en nature.
   Les contributions en nature, telles que la fourniture à titre gracieux de biens ou services, constituent des dépenses éligibles si les conditions suivantes sont réunies :
   a) Elles consistent en l'apport de terrains ou de biens immeubles, de biens d'équipement ou de matériaux, en une activité de recherche, une activité professionnelle ou un travail bénévole ;
   b) Elles ne sont pas réalisées dans le cadre de mesures d'ingénierie financière ;
   c) Les apports en nature sont présentés en équilibre en dépenses et en ressources dans le plan de financement de l'opération ;
   d) En cas d'apport de terrains ou de biens immeubles, la valeur est certifiée par un expert indépendant qualifié ou par un organisme officiel dûment agréé ; en cas de bénévolat, la valeur du travail est déterminée compte tenu du temps consacré et du taux horaire ou journalier de rémunération normal pour le travail accompli ;
   La participation des fonds structurels au financement d'une opération n'excède pas la dépense éligible totale, à l'exclusion des contributions en nature, à la fin de l'opération.
4. Coûts indirects.
   Les coûts indirects (frais généraux) sont éligibles à condition qu'ils soient fondés sur des coûts réels imputables à la mise en oeuvre de l'opération concernée. Ils sont affectés au prorata à l'opération selon une méthode équitable et dûment justifiée sur la base de clés de répartition permettant de distinguer l'activité du bénéficiaire liée à l'opération cofinancée parmi l'ensemble de ses activités ainsi que d'établir la réalité des coûts et leur rattachement effectif à l'opération cofinancée.
   Cette méthode fait l'objet d'une validation, par le service gestionnaire tel que défini par le règlement 1083/2006/CE du 11 juillet 2006 susvisé, lors de l'instruction et de la sélection de l'opération et figure dans une annexe de l'acte attributif de la subvention.

Les dépenses relatives aux contrats de sous-traitance sont éligibles. Ils ne doivent pas donner lieu à une augmentation injustifiée du coût d'exécution de l'opération sans y apporter une valeur ajoutée en proportion. Les contrats de sous-traitance conclus avec des intermédiaires ou des consultants, en vertu desquels le paiement est défini en pourcentage du coût total de l'opération, ne sont pas éligibles à moins qu'un tel pourcentage ne soit indexé sur la valeur réelle finale des travaux ou services fournis.

Les recettes résultant directement, au cours de la période d'exécution d'une opération cofinancée ou d'une période plus longue fixée par le service gestionnaire tel que défini par le règlement 1083/2006/CE du 11 juillet 2006 susvisé, de ventes, de locations, de services, de droits d'inscription ou d'autres ressources équivalentes figurent dans le plan de financement de l'acte attributif de l'aide comme ressources rattachables, dans leur intégralité ou au prorata, selon qu'elles sont générées entièrement ou partiellement par l'opération.
Les dépenses éligibles ne dépassent pas la valeur de l'investissement ou du projet, déduction faite des recettes. En début d'opération, une estimation des recettes issues du projet ou de l'infrastructure doit être réalisée par le service gestionnaire. En cas de modification des recettes attendues ou perçues au cours de la réalisation du projet, le service gestionnaire modifie en conséquence le montant des dépenses éligibles.
Les recettes générées au cours de la durée de vie économique des opérations impliquant un investissement dans une infrastructure dont l'utilisation est soumise à des redevances directement supportées par les utilisateurs, ou des opérations impliquant la vente ou la location de terrains ou d'immeubles, ou toute autre fourniture de services contre paiement, sont soumises aux dispositions spécifiques de l'article 55 du règlement susmentionné.

Les frais bancaires d'ouverture et de gestion de comptes, y compris les intérêts débiteurs et créditeurs générés sur ces comptes, sont éligibles lorsque la mise en oeuvre d'une opération nécessite l'ouverture d'un compte ou de plusieurs comptes séparés, rendue obligatoire par une clause explicite dans l'acte attributif de l'aide.
Les frais de conseil juridique, les frais de notaire, les frais d'expertise technique financière sont éligibles s'ils sont liés et nécessaires à l'opération.
Les honoraires d'expertise comptable, de tenue et de certification de la comptabilité du bénéficiaire résultant de l'application des règlements européens relatifs aux fonds structurels sont éligibles au titre des frais généraux liés et nécessaires à l'opération.
Les coûts des garanties fournies par une banque ou un autre organisme financier sont éligibles si ces garanties sont requises par la législation communautaire ou nationale. Elles font l'objet d'une clause explicite dans l'acte attributif de l'aide.
Les amendes, les pénalités financières et les frais de contentieux ne sont pas éligibles aux fonds structurels.
Dans le cas d'un marché public de travaux, la retenue de garantie devient éligible dès lors qu'elle est effectivement versée au moment du solde du marché. Les retenues de garantie non payées à la clôture des paiements du programme ne sont pas éligibles.

Les taxes et les charges sociales sur les salaires et traitements constituent des dépenses éligibles si elles sont réellement et définitivement supportées par le bénéficiaire. A ce titre, conformément aux règlements (CE) n° 1080/2006 et n° 1081/2006 du 5 juillet 2006 et n° 1083/2006 du 11 juillet 2006 du Parlement européen et du Conseil susvisé, la TVA récupérable n'est pas éligible.

Les dépenses suivantes de l'Etat, de ses établissements publics autres que ceux ayant un caractère industriel et commercial, des collectivités territoriales et des établissements publics locaux autres que ceux ayant un caractère industriel et commercial, réalisées dans le cadre de la préparation ou de la mise en oeuvre d'une opération, sont éligibles :
a) Les coûts liés aux services professionnels rendus par un organisme public distinct du bénéficiaire dans la préparation ou la mise en oeuvre d'une opération ;
b) Les coûts liés à la préparation et à la mise en oeuvre d'une opération, par un organisme public, qui est lui-même le bénéficiaire et qui exécute cette opération pour son propre compte.
Les coûts mentionnés au point a sont facturés au bénéficiaire sur les bases des coûts unitaires déterminés lors de la commande, dans le cas d'un contrat de prestation. Ils sont justifiés par des factures acquittées ou par des pièces comptables de valeur probante équivalente permettant l'identification des coûts réels exposés par l'organisme public concerné, dans le cas d'une convention de partenariat.
Les coûts mentionnés au b ne sont éligibles qu'à condition qu'ils constituent des coûts additionnels par rapport aux charges courantes de l'organisme et qu'ils soient liés et nécessaires à la réalisation de l'opération cofinancée. Ils sont calculés et justifiés selon les dispositions fixées à l'article 4 du présent décret.
Dans le respect de ces conditions, les rémunérations d'agents publics sont éligibles.

Les dépenses relatives à la préparation, à la gestion, au suivi y compris informatisé, à l'évaluation, à la formation, à l'information, à la communication et au contrôle des programmes opérationnels ainsi que les dépenses visant à renforcer les moyens administratifs nécessaires à la mise en oeuvre des programmes opérationnels sont éligibles, y compris les dépenses de rémunération des agents publics statutaires et contractuels affectés à ces tâches.
Les dépenses liées à l'information et à la sensibilisation sur une des priorités stratégiques d'un programme opérationnel pour une meilleure prise en compte de cette priorité par l'ensemble des acteurs relèvent de la mesure d'intervention concernée, si celle-ci le prévoit.
Les dépenses afférentes à une communication et une sensibilisation aux potentialités offertes par le programme opérationnel en termes de financement relèvent des crédits d'assistance technique.
Les autres dépenses d'animation, en particulier l'assistance à la conception des projets, à l'exclusion de celles qui concernent l'exécution de tâches de montage et de suivi des dossiers administratifs, relèvent des mesures d'intervention sur lesquelles intervient cette animation ou d'une mesure d'intervention transversale, lorsque ces mesures le permettent.
Les dépenses liées au montage et au suivi des dossiers administratifs lorsqu'elles procèdent de l'initiative individuelle du porteur de projet concerné qui, pour ce faire, sollicite le prestataire de son choix, entrent dans l'assiette des dépenses éligibles du projet sur les mesures d'intervention.
Si cette assistance est confiée de façon transversale, pour tout ou partie du programme, par le service gestionnaire à une structure ad hoc sélectionnée ou agréée à cet effet, les dépenses induites relèvent des crédits d'assistance technique.