Le secrétaire d'Etat aux affaires européennes dispose, en tant que de besoin, des services mentionnés par le décret du 10 décembre 1998 susvisé, notamment de la direction de la coopération européenne, de la direction de l'Europe continentale, du service de la politique étrangère et de la sécurité commune ainsi que du secrétariat général des affaires européennes.

Pour l'exercice de ses attributions et, en particulier, pour ce qui concerne la présidence française de l'Union européenne, il a recours au secrétariat général aux affaires européennes, qui lui fait rapport sur les activités de son ressort.

Les autres départements ministériels lui assurent, en tant que de besoin, le concours de leurs services.

Le secrétaire d'Etat aux affaires européennes assume les fonctions de secrétaire général pour la coopération franco-allemande.