L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les ressources de l'agence comprennent :

1° La subvention pour charge de service public versée par l'Etat ; elle inclut, le cas échéant, le financement des moyens liés à la réalisation des missions mentionnées à l'article 2 ;

2° Les subventions d'investissement ou dotations liées à la réalisation des opérations ou missions mentionnées à l'article 2 ;

3° Les subventions, avances, fonds de concours ou contributions attribués par l'Etat et les collectivités territoriales ou leurs établissements publics et par toute autre personne ;

4° Le produit des concessions ;

5° Le produit des participations ;

6° Le produit des aliénations ;

7° Le produit des prestations de services mentionnées à l'article 2 ;

8° Les produits de la gestion des biens de son patrimoine ;

9° Les dons et legs ;

10° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de fonctionnement de l'agence comprennent :

1° Les frais de personnel ;

2° Les frais de fonctionnement ;

3° Les frais d'études et de conseil ;

4° Les frais d'équipement ;

5° Les impôts et contributions de toute nature ;

6° D'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'agence.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être créées auprès de l'agence dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.