L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'autorité chargée du contrôle financier de l'agence, placée sous l'autorité du ministre chargé du budget, exerce ses fonctions dans les conditions fixées par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.