L'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général. Le conseil d'administration comprend, outre son président :
1° Sept membres de droit :
a) Le directeur des services judiciaires ou son représentant ;
b) Le directeur de l'administration pénitentiaire ou son représentant ;
c) Le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse ou son représentant ;
d) Le directeur de l'administration générale et de l'équipement ou son représentant ;
e) Le directeur du budget ou son représentant ;
f) Le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction ou son représentant ;
g) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;
2° Sept personnalités désignées par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, parmi lesquelles deux chefs de cours d'appel ou de tribunaux de grande instance, un directeur régional des services pénitentiaires et un chef d'établissement pénitentiaire ;
3° Deux représentants du personnel de l'agence élus selon des modalités fixées par délibération du conseil d'administration.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une période de trois ans renouvelable.
Il veille à l'accomplissement de ses missions par l'agence.

Les membres du conseil d'administration autres que les membres de droit sont nommés ou élus pour une durée de trois ans renouvelable. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.
Le président et les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'agence pour des marchés de travaux, de fournitures et de prestations de services. Ils ne peuvent ni assurer des prestations pour ces entreprises ni prêter un concours à titre onéreux à l'agence.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.
Le conseil est, en outre, convoqué par le président à la demande du garde des sceaux, ministre de la justice, ou du tiers de ses membres. Dans ce cas, la séance a lieu dans un délai de deux mois à compter de la demande. Les questions dont le garde des sceaux, ministre de la justice, ou le tiers des membres du conseil demandent l'examen à cette occasion sont inscrites de droit à l'ordre du jour.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est de nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de huit jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents. Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le directeur général, l'autorité chargée du contrôle financier et l'agent comptable, ainsi que toute personne dont le conseil ou son président souhaite recueillir l'avis, assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence. Il délibère notamment sur :
1° Les orientations de l'agence et son programme d'activités pluriannuel ;
2° Les projets des conventions mentionnées à l'article 4 ;
3° Dans les conditions qu'il détermine, l'économie générale des contrats passés en application de l'article L. 34-3-1 du code du domaine de l'Etat et des contrats de partenariat mentionnés au 6° de l'article 3 ;
4° Le budget primitif et ses modifications ;
5° Le compte financier et l'affectation du résultat de l'exercice ;
6° Les emplois de direction et les autres catégories d'emplois de l'établissement ;
7° Les conditions de la gestion administrative et financière des personnels contractuels de droit public et des fonctionnaires détachés sur contrat ; les modalités de désignation des représentants du personnel au conseil d'administration ;
8° La convention de gestion mentionnée à l'article 5 ;
9° L'organisation générale des services et la création de représentations locales de l'établissement ;
10° Les conditions générales de passation des marchés ;
11° Les conditions de l'organisation matérielle des jurys et commissions et de l'indemnisation de certains de leurs membres ;
12° Les prises, extensions et cessions de participations ;
13° Les projets d'achat, de vente ou de prise à bail d'immeubles relatifs à l'installation matérielle de l'agence ;
14° Les dons et legs ;
15° L'exercice des actions en justice et les transactions liées aux opérations d'investissement et au fonctionnement de l'agence ;
16° Le rapport annuel d'activité.
Il autorise le directeur général à signer, après en avoir approuvé l'économie générale, les contrats passés en application de l'article L. 34-3-1 du code du domaine de l'Etat et les contrats de partenariat mentionnés au 6° de l'article 3.
Pour les matières énumérées aux 2°, 4°, 8°, 9°, 11°, 13°, 14° et 15°, le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs au directeur général dans les conditions qu'il détermine.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.

Les délibérations du conseil d'administration mentionnées aux 1°, 8°, 9°, 14°, 15° et 16° de l'article 12 sont exécutoires de plein droit si le garde des sceaux, ministre de la justice, n'y fait pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations mentionnées aux 2°, 3°, 4°, 6°, 7°, 11° et 13° du même article deviennent exécutoires de plein droit si le garde des sceaux, ministre de la justice, et le ministre chargé du budget et, pour les 6° et 7°, le ministère chargé de la fonction publique n'y font pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations portant sur le budget primitif et ses modifications ainsi que sur le compte financier sont approuvées dans les conditions déterminées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.

Le directeur général est nommé pour une durée de trois ans par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice.

Le directeur général :
1° Prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° A autorité sur l'ensemble des personnels de l'agence. Il recrute, nomme et gère les agents contractuels et les fonctionnaires détachés sur contrat. Il fixe leur rémunération ;
3° Est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° Conclut les conventions, contrats et marchés se rapportant aux missions de l'agence et à son fonctionnement, à l'exception des contrats mentionnés au 3° de l'article 12, qu'il signe après autorisation expresse du conseil d'administration ; il est l'autorité responsable des marchés ;
5° Représente l'agence en justice et dans les actes de la vie civile.
Le directeur général peut déléguer sa signature aux titulaires des emplois de direction et à des chefs de service. Ceux-ci, dans la limite des délégations qui leur sont consenties, peuvent subdéléguer leur signature dans des conditions fixées par décision du directeur général.
Les décisions de délégation de signature sont rendues publiques sur le site internet de l'agence. Une copie en est délivrée à tout tiers qui en fait la demande.