Pour l'accomplissement de sa mission, l'agence peut notamment :
1° Acquérir, y compris par la voie de l'expropriation pour cause d'utilité publique, ou recevoir en dotation de l'Etat des biens meubles ou immeubles ;
2° Gérer l'ensemble des procédures foncières et immobilières nécessaires à la réalisation des opérations qui lui sont confiées ;
3° Réaliser ou faire réaliser par des personnes, publiques ou privées, des études, recherches, services ou travaux ;
4° Négocier, conclure et, dans les conditions prévues par le quatrième alinéa de l'article 4, gérer, pour le compte de l'Etat, des baux prévus à l'article L. 34-3-1 du code du domaine de l'Etat ;
5° Délivrer des autorisations d'occupation temporaire sur le domaine public de l'Etat qui lui a été remis en dotation pour la réalisation du programme qui lui est confié ;
6° Négocier, conclure et gérer, à la demande de l'Etat, dans les conditions prévues par l'ordonnance du 17 juin 2004 susvisée, des contrats de partenariat relatifs au patrimoine immobilier du ministère de la justice ;
7° Conclure avec l'Etat ou ses établissements publics des conventions de gestion des biens, meubles ou immeubles, nécessaires à la réalisation des opérations mentionnées à l'article 2 ;
8° Acquérir et exploiter tout droit de propriété intellectuelle.

Lorsque l'agence agit pour le compte de l'Etat ou d'un de ses établissements publics, en qualité de mandataire, les missions qui lui sont confiées sont définies, dans les conditions mentionnées aux articles 3 à 6 de la loi du 12 juillet 1985 susvisée, par une convention de mandat conclue entre l'agence et le garde des sceaux, ministre de la justice, ainsi que, le cas échéant, le ministre dont dépend le service auquel l'immeuble est affecté ou l'établissement public intéressé.
Lorsque l'agence agit pour le compte d'une collectivité territoriale ou d'un de ses établissements publics en la même qualité, les missions qui lui sont confiées sont définies dans les mêmes conditions par une convention conclue entre l'agence et la collectivité territoriale ou l'établissement public intéressé.
Lorsque l'agence agit en qualité de maître d'ouvrage pour le compte de l'Etat ou réalise en son nom des acquisitions foncières, les modalités d'exécution des missions qui lui sont confiées sont définies par une convention, qui précise notamment les caractéristiques fonctionnelles de l'ouvrage à réaliser, les décisions qui relèvent de la seule responsabilité de l'agence, les modalités selon lesquelles l'agence rend compte aux autorités de tutelle du déroulement des projets, les conditions de mise en place des autorisations d'engagement et de versement des crédits de paiement et, le cas échéant, les relations administratives et financières de l'établissement public avec les services préfectoraux.
Lorsque l'agence négocie, conclut et gère pour le compte de l'Etat des baux avec option d'achat dans le cadre de l'article L. 34-3-1 du code du domaine de l'Etat et des contrats de partenariat dans le cadre de l'ordonnance susvisée du 17 juin 2004, elle agit en exécution d'une convention qui précise notamment l'étendue et la durée de sa mission, les modalités de financement des projets gérés et celles selon lesquelles l'agence rend compte aux autorités de tutelle du déroulement des projets, ainsi que les conditions du transfert des contrats aux administrations utilisatrices.

L'agence peut, pour favoriser le fonctionnement de l'Etablissement public du palais de justice de Paris et l'exécution de ses missions, mettre à la disposition de cet établissement des personnels et des moyens et les gérer, selon des modalités et conditions financières prévues par une convention passée entre les deux établissements et soumise à délibération de leur conseil d'administration.

Dans le cas où les questions à examiner sont communes aux deux établissements, les comités techniques paritaires centraux de l'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice et de l'Etablissement public du palais de justice de Paris, par dérogation aux dispositions du décret n° 82-452 du 28 mai 1982, sont réunis conjointement, sur décision de leurs présidents. La réunion est présidée par le président du comité technique paritaire central de l'agence.

Par dérogation aux articles 34, 36 et 40 du décret n° 82-453 du 28 mai 1982, le comité central d'hygiène et de sécurité de l'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice comprend :
1° Trois représentants de l'administration, dont l'un est chargé du secrétariat du comité ;
2° Six représentants titulaires du personnel qui sont les représentants titulaires et suppléants du personnel siégeant au comité technique paritaire central et qui désignent l'un d'entre eux pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint du comité ;
3° Le médecin de prévention.