La comptabilité matières fait apparaître, par produit et par entrepositaire agréé ou habilité :
- le stock initial, les entrées minorées, le cas échéant, des franchises fiscales forfaitaires accordées au titre de la circulation de produits en suspension de taxes, les sorties et le stock final de chaque matière première ;
- le stock initial, les entrées, les sorties et le stock final de chaque produit énergétique fabriqué au sein de l'entrepôt ;
- le taux de rendement par matière première et par produit énergétique obtenu.

Un déficit explicable par la destruction ou la consommation volontaire ou accidentelle de produits énergétiques au cours des opérations de fabrication effectuées dans l'enceinte de l'entrepôt n'est pas taxable.
Dans les autres cas, tout déficit constaté sur le stock de produit énergétique fabriqué fait l'objet d'une taxation conformément aux dispositions de l'article 265 du code des douanes.

Tout excédent constaté sur le stock de produit énergétique fabriqué fait l'objet d'une réintégration sous régime fiscal suspensif.

Les produits énergétiques placés sous le régime de l'entrepôt fiscal de production sont exemptés des taxes de consommation lorsqu'ils sont consommés aux fins de fabrication de produits énergétiques ou à la production de l'énergie nécessaire à ces fabrications.