La ligne ou section de ligne objet du contrat est incorporée, dès sa mise en exploitation, au réseau ferré national.

Les contrats de partenariat conclus en application des articles 1er-1 et 1er-2 de la loi du 13 février 1997 susvisée comportent des clauses définissant la nature et les modalités de transmission des informations nécessaires à RFF pour la production du document de référence du réseau ferré national. Ces clauses précisent également la responsabilité du titulaire vis-à-vis des utilisateurs du réseau ferré national quant à l'exactitude de ces informations.

Le contrat fixe les modalités selon lesquelles le titulaire informe la SNCF des interventions qu'il prévoit d'effectuer sur l'infrastructure ferroviaire sous circulation ou qui sont susceptibles d'avoir un impact sur le bon fonctionnement des installations de sécurité.
La SNCF assiste à ces interventions chaque fois qu'elle l'estime utile.

Le contrat peut prévoir que les frais exposés par l'Etat, y compris ceux qui résultent de l'application de l'article 30 du présent décret, ou par RFF pour la réalisation de l'infrastructure, la passation du contrat et le contrôle de son exécution sont pris en charge par le titulaire.

Les contrats de partenariat et les conventions de délégation de service public conclus en application des articles 1er-1 et 1er-2 de la loi du 13 février 1997 susvisée sont approuvés par décret en Conseil d'Etat.