Les établissements publics administratifs de l'Etat sont soumis au contrôle financier tel que prévu par le décret du 27 janvier 2005 susvisé.

Les conditions d'adaptation des dispositions de ce dernier à chaque établissement public administratif de l'Etat sont définies par un arrêté conjoint du ministre chargé du budget et des ministres dont relève l'établissement concerné.