La commission établit son règlement intérieur.

Elle se réunit sur convocation de son président au moins une fois par an.

En début d'année, elle fixe le calendrier des contrôles et désigne les lieux qui en feront l'objet. Un même lieu peut faire l'objet de plusieurs contrôles au cours d'une même année. En outre, des missions de contrôle peuvent être effectuées en dehors du calendrier, lorsque la commission estime que les circonstances le justifient. Le ministre de l'intérieur, le ministre de la justice, le ministre de la défense et le ministre chargé des affaires sociales sont informés du calendrier des visites. Ils sont préalablement informés des visites hors calendrier. Toutefois, le préfet territorialement compétent pour le centre ou pour le local de rétention administrative ou pour la zone d'attente peut faire connaître à la commission l'impossibilité de réaliser la visite au moment envisagé, pour des motifs graves d'ordre public ou de sécurité publique.