L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'institut est soumis au régime financier et comptable des établissements publics nationaux à caractère administratif.

L'établissement est également soumis au contrôle financier institué par le décret du 4 juillet 2005 susvisé. Un membre du corps de contrôle économique et financier exerce le contrôle du fonctionnement financier de l'institut dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du travail et du ministre chargé du budget.