Chaque conseil de la fonction militaire dispose d'un secrétariat permanent dirigé par un secrétaire général, officier supérieur, désigné par le ministre de la défense.
Le secrétaire général assiste aux sessions, mais ne participe pas aux votes.
Les secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire relèvent directement des vice-présidents mentionnés à l'article 8.
Le ministre peut déléguer sa signature aux secrétaires généraux pour les besoins du fonctionnement des conseils de la fonction militaire.

Le chef d'état-major de chaque armée, le directeur général de la gendarmerie nationale, le délégué général pour l'armement, le directeur central du service de santé des armées et le directeur central du service des essences des armées peuvent, après accord du ministre, réunir le conseil dont ils sont le vice-président pour traiter d'un sujet particulier à leur armée ou formation rattachée et entrant dans la compétence du conseil.
A l'issue de chaque session du conseil de la fonction militaire, un communiqué comprenant la synthèse des travaux et des avis est rédigé. Ce communiqué est signé par le président de la session du conseil de la fonction militaire ou l'autorité déléguée, et contresigné par le secrétaire de session, membre du conseil de la fonction militaire, désigné pour chaque session par les membres du conseil.