Les recettes des Thermes nationaux d'Aix-les-Bains comprennent notamment :
1° Les produits des prestations et des forfaits de soins thermaux ;
2° Les produits des activités annexes ;
3° Le produit des impôts affectés à l'établissement et des redevances pour services rendus ;
4° Les produits divers, les dons et legs ;
5° Les subventions de l'Etat et des collectivités publiques, de leurs établissements publics, des organismes de sécurité sociale, de l'Union européenne ou des organisations internationales ;
6° Le produit des emprunts.

Le directeur général des Thermes nationaux d'Aix-les-Bains présente chaque année au conseil d'administration un état prévisionnel des recettes et des dépenses qui comprend :
- un compte de résultat prévisionnel ;
- un tableau de financement abrégé prévisionnel.
Lors de la présentation du compte financier, le directeur général de l'établissement rend compte au conseil d'administration de l'exécution de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses et des engagements hors bilan.
Le conseil d'administration reçoit communication des comptes annuels de tous organismes dans lesquels l'établissement détient une participation financière.

Les Thermes nationaux d'Aix-les-Bains sont soumis au régime financier et comptable prévu par les articles 3 à 62, 151 à 153 et 190 à 225 du décret du 29 décembre 1962 susvisé.
L'agent comptable des Thermes nationaux d'Aix-les-Bains est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Les Thermes nationaux d'Aix-les-Bains sont soumis aux règles fixées par le décret du 9 août 1953 visé ci-dessus ainsi qu'au contrôle économique et financier de l'Etat institué par le décret du 26 mai 1955 susvisé. Les conditions d'application du contrôle économique et financier de l'Etat sont fixées en tant que de besoin par arrêté conjoint des ministres chargés des finances et du budget.

Les fonds de l'établissement peuvent être déposés dans un établissement bancaire avec l'autorisation du ministre chargé des finances.