Le directeur général des Thermes nationaux d'Aix-les-Bains est nommé par arrêté du ministre chargé de la santé pour une durée de cinq ans.
Il assure la direction de l'établissement dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration et accomplit tout acte dans les matières qui ne sont pas réservées au conseil d'administration en application de l'article 7.
Il propose chaque année au conseil d'administration les orientations générales de la politique de l'établissement.
Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution.
Il recrute, nomme et gère les personnels de l'établissement. Il a autorité sur l'ensemble des personnels en fonction dans l'établissement.
Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il passe, au nom de l'établissement, les contrats, conventions et marchés ainsi que les actes d'acquisition, de vente et de transaction, sous réserve des attributions du conseil d'administration mentionnées à l'article 7. Il en rend compte au conseil d'administration.
Il conserve et administre le patrimoine de l'établissement.
Il est ordonnateur des recettes et des dépenses du budget de l'établissement.
Il peut déléguer sa signature aux cadres exerçant des fonctions de direction au sein de l'établissement.

Un rapport sur l'activité de l'établissement est élaboré chaque année par le directeur général, soumis à l'approbation du conseil d'administration et transmis au préfet de la Savoie et au ministre chargé de la santé par le président du conseil d'administration.