L'agence est soumise à la tutelle des ministres chargés des mines et du budget.
Le directeur des ressources énergétiques et minérales, ou son représentant, est commissaire du Gouvernement auprès de l'agence.

Le président et les membres du conseil d'administration de l'agence sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable.
Le président est nommé par décret sur le rapport des ministres chargés des mines et de la sécurité sociale.
Le conseil d'administration comprend, outre le président :
1° Quatre représentants de l'Etat :
- un représentant du ministre chargé des mines ;
- un représentant du ministre chargé du budget ;
- un représentant du ministre chargé de la sécurité sociale ;
- un représentant du ministre chargé du logement.
Les représentants de l'Etat sont nommés par arrêtés des ministres compétents.
2° Cinq représentants des anciens mineurs et ardoisiers désignés par leurs organisations syndicales représentatives. Pour chaque siège de cette catégorie de membres, un suppléant est désigné en même temps que le titulaire.
3° Cinq personnes désignées en raison de leur compétence en matière économique ou sociale :
- un représentant des communes minières, désigné par arrêté du ministre chargé des mines ;
- le président du conseil d'administration de la Caisse autonome nationale de la sécurité sociale dans les mines ou son représentant ;
- le président de Charbonnages de France ou son représentant ;
- le président de la société Mines de potasse d'Alsace ou son représentant ;
- le président de la chambre syndicale des industries minières ou son représentant.
Après la cessation définitive d'activité de Charbonnages de France et de la société Mines de potasse d'Alsace, les représentants de ces entreprises sont remplacés par deux personnes désignées en raison de leur compétence par le ministre chargé des mines.
Un membre du conseil peut se faire représenter par un autre membre du conseil. Toutefois, aucun membre du conseil ne peut être titulaire de plus d'un mandat.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont exercées à titre gratuit. Elles ouvrent droit aux indemnités pour frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues pour les fonctionnaires et agents de l'Etat. Toutefois, le président du conseil d'administration peut recevoir une indemnité de fonction dont le montant est fixé par arrêté du ministre chargé des mines, du budget et de la sécurité sociale.

Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président au moins deux fois par an. Il peut en outre être convoqué à l'initiative de son président, du commissaire du Gouvernement ou de la majorité de ses membres.
Le président arrête l'ordre du jour de chaque séance après consultation du directeur général. Il y inscrit toute question soumise au conseil par l'un des ministres chargés des mines, du budget, de la sécurité sociale ou du logement.
Le commissaire du Gouvernement, le contrôleur financier, le directeur général et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration. Le président peut également appeler à participer à une ou plusieurs séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile. Le directeur général peut être accompagné de membres du personnel.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la majorité des membres en exercice assistent à la séance ; si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau réuni dans un délai de deux semaines sur le même ordre du jour et délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents. Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence. Il délibère notamment sur :
1° Les orientations générales de l'activité de l'agence ;
2° Les programmes et rapports d'activité ;
3° Le règlement intérieur du conseil ;
4° Le budget et ses modifications ;
5° Le compte financier et l'affectation du résultat d'activité ;
6° Les marchés, contrats et subventions dont le montant financier est supérieur à des seuils qu'il détermine ;
7° L'acceptation des dons et legs ;
8° Les ventes, baux, achats et prises à bail d'immeubles ;
9° Par dérogation au 6° ci-dessus, les conventions prévues au troisième alinéa de l'article 4 ci-dessus et à l'article 5, quel que soit leur montant ;
10° Les conditions générales de passation des autres conventions et des marchés ;
11° Les actions en justice, à l'exception de celles présentant un caractère d'urgence, que le directeur général peut introduire sous réserve de les soumettre à son approbation à la première séance qui suit leur introduction ;
12° Les transactions dont le montant financier est supérieur à un seuil qu'il détermine. Il peut déléguer certaines compétences au directeur général, à l'exception de celles qui sont prévues aux 1°, 2°, 3°, 4°, 5°, 7° et 11° ci-dessus.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires de plein droit dans un délai d'un mois à compter de leur réception par le ministre chargé des mines, sauf opposition du commissaire du Gouvernement ou du contrôleur financier. Cette opposition, dont les ministres chargés des mines et du budget sont immédiatement informés par les soins de son auteur, cesse d'avoir effet si, dans un délais d'un mois, elle n'a pas été confirmée par l'un de ces ministres.
Les délibérations portant sur le budget ou ses modifications sont approuvées par les mêmes ministres dans les conditions fixées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.

Le directeur général est nommé par décret sur le rapport des ministres chargés des mines et de la sécurité sociale, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. Il dirige l'agence et à ce titre exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il met en oeuvre les orientations générales définies par le conseil ; il organise et dirige les services ;
2° Il a autorité sur le personnel de l'agence qu'il recrute, affecte et gère ; il signe au nom de l'agence les adaptations de la convention collective nationale des institutions de retraites complémentaires et définit la politique de rémunération dans le cadre budgétaire fixé par le conseil ;
3° Il élabore et applique le règlement intérieur de l'agence ;
4° Il prépare les programmes et rédige les rapports d'activité ;
5° Il prépare les budgets et les exécute. Il est ordonnateur des dépenses et des recettes ;
6° Il accepte à titre conservatoire les dons et legs, sous réserve que leur acceptation définitive soit mise à l'ordre du jour de la prochaine séance du conseil ;
7° Il conclut pour l'agence les conventions et marchés ;
8° Il représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Le directeur général peut déléguer sa signature, dans le cadre de ses attributions, à des membres du personnel de l'agence.