L'agence est soumise :
- au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics à caractère administratif, notamment les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 susvisé et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 susvisé ;
- au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé.
Le contrôleur financier exerce ses missions selon des modalités fixées, en tant que de besoin, par arrêté des ministres chargés des mines et du budget.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être instituées par le directeur général dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

L'agence met en oeuvre une comptabilité analytique afin de connaître les coûts des prestations et de la gestion pour chaque mission mentionnée à l'article 2 ci-dessus. Ses résultats sont présentés au conseil et constituent les éléments justificatifs de la subvention de l'Etat prévue par l'article 5 de la loi du 3 février 2004 susvisée. Certaines activités de l'agence, désignées par arrêté des ministres chargés des mines et du budget, peuvent faire l'objet d'un budget annexe ou d'une comptabilité distincte.
Il est créé par le conseil un comité d'audit, présidé par un administrateur représentant l'Etat, qui contrôle le fonctionnement de l'agence, notamment l'exécution de son budget et l'efficacité de sa gestion, et peut, à cette fin, diligenter des missions dont le financement est mis à sa disposition par le conseil, conformément à un programme qu'il soumet et dont il lui rend compte.