Le préfet maritime anime et coordonne l'action en mer des administrations et la mise en oeuvre de leurs moyens, sans faire obstacle à l'exercice par les autorités administratives, civiles et militaires, et les autorités judiciaires des compétences qui leur sont reconnues par d'autres textes législatifs ou réglementaires. Il reçoit en tant que de besoin des directives du secrétaire général de la mer.

Pour remplir les missions permanentes d'intérêt général dont il est chargé, le préfet maritime prend toutes initiatives et mesures nécessaires. Il bénéficie du concours des services et administrations de l'Etat qui mettent à sa disposition les moyens et informations d'intérêt maritime dont ils disposent. Il peut donner des directives aux chefs de ces services qui lui rendent compte de leur exécution.

Les administrations tiennent si nécessaire le préfet maritime informé de la gestion et de la mise en oeuvre de leurs moyens dans le cadre de leurs compétences propres.

Un arrêté du Premier ministre établit la liste des missions en mer incombant à l'Etat.