Les contrats territoriaux d'exploitation souscrits avant l'entrée en vigueur du présent décret demeurent régis jusqu'à leur terme par les dispositions de la section IV du chapitre Ier du titre IV du livre III du code rural (partie Réglementaire) en vigueur à la date de leur signature. Ils ne peuvent être prorogés.

Les demandes de contrat territorial d'exploitation déposées dans les directions départementales de l'agriculture et de la forêt ou auprès des organismes agréés mentionnés à l'article R. 341-10 du code rural qui n'ont été ni acceptées ni refusées sont, sauf retrait de la demande, instruites en application des dispositions du présent décret et de ses arrêtés d'application.