Le Conseil général vétérinaire est compétent pour toute mission d'inspection des services déconcentrés et des établissements publics relevant du ministre chargé de l'agriculture ainsi que pour toute mission de contrôle de l'action des services de son administration centrale notamment sous la forme d'audit. Il est saisi à cet effet par lettre du ministre ou de ses délégataires.
A la demande d'autres ministres, il peut participer à des missions d'inspection dans son domaine de compétence.
Les inspecteurs généraux chargés d'une mission d'inspection, de contrôle ou d'évaluation agissent en qualité de représentants directs du ou des ministres intéressés.
Ils disposent des pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place nécessaires à l'exercice de leurs missions auprès des services et établissements précités dans le cadre des dispositions qui les régissent. Ils reçoivent à cet effet l'appui et le concours de tous les agents du ou des ministères concernés.