Le préfet de Mayotte est ordonnateur des dépenses du fonds financées par des crédits inscrits au budget de l'Etat. Ces crédits sont versés dans le cadre d'une convention qui est signée entre le préfet et le bénéficiaire des fonds, et qui définit l'objet, le montant et les conditions d'utilisation de la subvention attribuée.

Le préfet rend compte des modalités d'utilisation des dépenses du fonds et établit chaque année un rapport de réalisation et de suivi des résultats des projets aidés. Ce rapport est transmis au ministre chargé de l'outre-mer comme contribution au rapport annuel sur le développement de Mayotte prévu par le troisième alinéa de l'article 43 de la loi du 11 juillet 2001 susvisé.