Le préfet du département du siège du groupement est le commissaire du Gouvernement auprès de celui-ci. Il peut se faire représenter.

Le commissaire du Gouvernement assiste aux séances des organes délibérants du groupement. Il peut provoquer une nouvelle délibération dans un délai de quinze jours à compter de la date à laquelle le procès-verbal de la séance lui a été communiqué. Il reçoit communication des documents nécessaires à l'exercice de ses fonctions. Il informe les administrations dont relèvent les établissements participant au groupement des observations qu'appelle le fonctionnement de celui-ci.