La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion assurée selon les règles du droit privé sauf si les parties contractantes ont fait le choix de la gestion publique ou si le groupement n'est constitué que de personnes morales de droit public.

Dans ces deux dernières hypothèses, les dispositions du décret du 29 décembre 1962 susvisé relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable sont applicables. Dans ce cas, l'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'éducation ou du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.