L'agence est administrée par un conseil d'administration qui comprend dix-huit membres :

1° L'ambassadeur délégué aux investissements internationaux, président de l'agence.

2° Sept représentants de l'Etat :

a) Deux représentants du ministre chargé de l'économie ;

b) Deux représentants du ministre chargé de l'aménagement du territoire ;

c) Un représentant du ministre des affaires étrangères ;

d) Un représentant du ministre chargé de l'emploi ;

e) Un représentant du ministre chargé de la technologie.

3° Quatre représentants des collectivités territoriales nommés après consultation des associations représentant les élus régionaux.

4° Quatre personnalités qualifiées choisies en raison de leur compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, notamment de leur connaissance des entreprises.

5° Deux représentants élus du personnel de l'agence.

Les membres du conseil d'administration, autres que le président et les représentants du personnel, sont nommés par décret.

Pour les membres du conseil d'administration représentant l'Etat et les collectivités territoriales, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions que le titulaire.

Le mandat des membres du conseil d'administration est de trois ans renouvelable. Toutefois, pour les personnalités qualifiées, il n'est renouvelable qu'une fois. En cas de vacance survenant pour quelque cause que ce soit avant l'expiration du mandat d'un membre titulaire ou suppléant, il est procédé à son remplacement pour la période restant à courir de ce mandat.

Les membres du conseil d'administration exercent leur fonction à titre gratuit. Ils bénéficient pour leur participation aux séances du conseil du remboursement de leurs frais dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.