La présidence convoque le conseil et arrête l'ordre du jour.
L'examen des suites données aux délibérations et recommandations du Conseil supérieur des exportations agricoles et alimentaires peut être inscrit à l'ordre du jour. Cette inscription est de droit si la moitié des membres le demande.
Le Conseil supérieur des exportations agricoles et alimentaires se prononce à la majorité des membres présents ou représentés.
Le Conseil supérieur des exportations agricoles et alimentaires élabore un règlement intérieur qui définit les modalités de son fonctionnement ; ce règlement est approuvé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du commerce extérieur.
Le secrétariat est assuré par les services du ministère chargé de l'agriculture et ceux du ministère chargé du commerce extérieur.