Le conseil d'administration élit en son sein un président et deux vice-présidents. Un vice-président est élu parmi les représentants de l'Etat et un second parmi les représentants des collectivités locales. Le vice-président représentant l'Etat, ou à défaut l'autre vice-président, supplée le président en cas de vacance, d'absence ou d'empêchement.

Le président et les vice-présidents sont élus pour la durée de leur mandat d'administrateur. Ils sont rééligibles.