Les règles de fonctionnement de la commission consultative sont déterminées conjointement par l'administration fiscale française et celles des autres Etats membres concernés. Elles sont notifiées au contribuable par l'administration fiscale française selon des modalités définies par décret.

Si l'administration fiscale française n'a pas notifié au contribuable les règles de fonctionnement de la commission consultative, les personnalités indépendantes et le président communiquent au contribuable dans le délai de quinze jours à compter de la constitution de la commission consultative ces règles complétées conformément à un modèle établi selon des modalités précisées par la Commission européenne.

Si les personnalités indépendantes et le président ne se sont pas accordés sur les règles de fonctionnement ou ne les ont pas notifiées au contribuable, celui-ci peut saisir le juge mentionné à l'article L. 251 R afin que celui-ci fixe des règles de fonctionnement conformément aux règles type mentionnées au paragraphe 3 de l'article 11 de la directive (UE) 2017/1852 du Conseil du 10 octobre 2017 concernant les mécanismes de règlement des différends fiscaux dans l'Union européenne.