Les fonds de mutualisation disposent d'une section commune et de sections spécialisées couvrant une ou plusieurs filières de production distinctes. Chacune de ces sections spécialisées est représentée au sein de leur conseil d'administration.

Les fonds de mutualisation interviennent financièrement en faisant appel simultanément aux ressources de la section commune et des sections spécialisées, sauf dispositions contraires de leurs statuts ou de leurs règlements intérieurs.

La création ou la modification de toute section spécialisée au sein d'un fonds de mutualisation est soumise à l'accord du conseil d'administration du fonds.

Les sections ont notamment pour mission :

― de faire des propositions d'intervention au conseil d'administration du fonds de mutualisation pour les filières de production qui les concernent ;

― d'assurer le suivi de l'utilisation de leurs ressources financières.

Les ressources d'une section ne peuvent être utilisées qu'au bénéfice des agriculteurs ayant contribué au financement de cette section.

Les différentes sections d'un même fonds de mutualisation tiennent des comptabilités séparées.