Un commissaire du Gouvernement, suppléé en cas d'empêchement par un commissaire adjoint et nommé par le ministre de l'agriculture, est placé auprès de l'établissement.

Le commissaire du Gouvernement assiste aux réunions du conseil d'administration. Il reçoit les convocations, ordres du jour, procès-verbaux et tous autres documents adressés aux membres du conseil.

Il peut se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives, et procéder ou faire procéder à toutes vérifications.

Il dispose d'un droit de veto à l'égard des décisions du conseil d'administration affectant l'organisation générale du centre, la gestion financière et les programmes. Il exerce ce droit dans les dix jours qui suivent soit la réunion, s'il y a assisté, soit la réception du procès-verbal de la séance.

Le veto du commissaire du Gouvernement a un caractère suspensif et a effet jusqu'à ce que le ministre de tutelle se soit prononcé. A défaut de décision expresse du ministre dans un délai d'un mois, la décision devient exécutoire.