Les organismes mentionnés au premier alinéa de l'article L. 201-13 peuvent également se voir déléguer certaines tâches liées aux autres activités officielles dès lors qu'ils répondent aux conditions prévues au b du 1 de l'article 31 du règlement (UE) 2017/625 du Parlement européen et de Conseil du 15 mars 2017.

Pour la passation de la convention de délégation, un arrêté du préfet fixe le délai pour présenter les dossiers de candidature. Il précise, notamment, les tâches et la durée des missions confiées, la zone d'activité, les critères de choix entre les candidats et les documents nécessaires à l'examen des candidatures. L'arrêté est publié dans un journal d'annonces légales et sur le site internet de la préfecture.

Lorsque la délégation de mission liée au contrôle s'exerce sur une aire géographique excédant le territoire d'un département, l'arrêté mentionné à l'alinéa précédent est pris par les préfets de département concernés, ou par le ministre chargé de l'agriculture dans le cas de délégations nationales.

A l'issue de l'examen des candidatures, l'autorité compétente fait connaître son choix aux candidats.