Le préfet du département dans le ressort duquel se situe le siège de l'exploitation est compétent pour fixer le montant des indemnités versées aux agriculteurs. La liquidation et le paiement des ICHN sont assurés par le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA).

Les taux unitaires moyens, les taux de conversion des catégories de cheptel en "unité de gros bétail", le plafonnement des unités primées, les montants minimum et maximum de l'aide qui peut être versée au bénéficiaire remplissant les conditions prévues aux articles R. 113-20 à R. 113-23 ainsi que le montant de l'indemnité maximale qui peut être versée aux associations foncières pastorales et aux groupements pastoraux sont fixés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie et des finances, du budget et de l'agriculture.