La caisse nationale de crédit agricole est soumise aux contrôles institués par l'ordonnance du 23 novembre 1944 portant organisation du contrôle économique et financier et par les articles 56 à 62 de la loi n° 48-24 du 6 janvier 1948 ainsi qu'au contrôle de l'inspection générale des finances. Elle est également soumise au contrôle parlementaire, prévu par l'article 1er de la loi du 18 juillet 1949, renforçant le contrôle parlementaire des dépenses publiques et par l'article 70 de la loi du 21 mars 1947.