Le fonds est placé sous la tutelle des ministres chargés des personnes handicapées, de la fonction publique, des collectivités territoriales, de la santé et du budget.
Les délibérations du comité national et des comités locaux sont exécutoires après approbation expresse ou en l'absence d'opposition dans le délai d'un mois à compter de la réception du procès-verbal respectivement par les ministres de tutelle ou par le préfet de région.
Toutefois, les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.