La demande d'agrément est adressée au ministre chargé de la culture par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Une copie du dossier est adressée au préfet de région territorialement compétent.
Lorsque le dossier est incomplet, le ministre sollicite les pièces manquantes dans les mêmes formes. A défaut de production de ces pièces dans le mois suivant la réception de la lettre du ministre, le demandeur est réputé avoir renoncé à sa demande.
Le ministre chargé de la culture et le ministre chargé de la recherche se prononcent, après consultation du Conseil national de la recherche archéologique, dans un délai de trois mois à compter de la réception du dossier complet. En cas de demande d'agrément présentée par une collectivité territoriale ou un groupement de collectivités territoriales, l'absence de décision expresse à l'expiration de ce délai vaut agrément. Dans les autres cas, l'absence de notification de décision dans ce délai vaut rejet de la demande.
L'arrêté délivrant l'agrément énonce les conditions au vu desquelles l'agrément est accordé. Il est notifié au demandeur et publié au Journal officiel de la République française.