Le Centre des monuments nationaux est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des agents comptables secondaires peuvent être nommés par arrêté des ministres chargés du budget et de la culture , sur proposition de l'agent comptable.

Le Centre des monuments nationaux est soumis au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics nationaux à caractère administratif, et notamment les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'établissement est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont fixées, en tant que de besoin, par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget. Des agents comptables secondaires peuvent être nommés, dans les mêmes conditions, sur proposition de l'agent comptable.