Lorsqu'un port est, conformément à la directive nationale de sécurité, doté d'une unité dédiée de la gendarmerie maritime disposant de moyens nautiques, l'emploi de ces moyens pour la surveillance et les interventions sur les plans d'eau portuaires et les approches du port fait l'objet d'un protocole conclu entre le représentant de l'Etat dans le département et le représentant de l'Etat en mer.

Le plan de sûreté du port mentionne les missions de sûreté sur le plan d'eau portuaire assignées à l'unité de gendarmerie maritime en application de ce protocole et précise les procédures d'information et d'alerte mutuelles entre cette unité et le port.

L'autorité investie du pouvoir de police portuaire informe immédiatement ces unités de tout incident relatif à la sûreté de ces espaces et des navires qui s'y trouvent.