Le port autonome peut être chargé, sur la demande du conseil d'administration, de la gestion de certains services publics connexes à ceux du port, tels que remorquage, éclairage, balisage, dispositifs d'aide à la navigation à l'intérieur des limites du port autonome ou pour ses accès, services sanitaires, de sauvetage ou d'incendie, police et surveillance des quais.
Des arrêtés conjoints du ministre chargé des ports maritimes et des ministres intéressés fixent les conditions de la remise de ces services au port autonome ainsi que les règles de leur fonctionnement.

Le ministre chargé des ports maritimes peut, par arrêté pris après avis du conseil d'administration, confier au port autonome, au titre de services annexes, la gestion d'un service maritime ou d'un service de navigation dont il définit la consistance.
Pour cette gestion, le directeur relève directement de l'autorité du ministre chargé des ports maritimes et le personnel du port autonome agit pour le compte de l'Etat.

Dans le respect de la législation en vigueur, un port autonome peut créer des filiales ou prendre des participations dans des organismes, sociétés ou groupements qui, eu égard à leur objet complémentaire ou connexe à ses missions, sont de nature à concourir à son développement.
Les créations de filiales, les prises, cessions ou extensions de participations financières décidées par le conseil d'administration du port autonome sont soumises à l'approbation préalable conjointe du ministre chargé des ports maritimes, du ministre chargé des finances et du ministre chargé du budget, dans les conditions fixées par les articles R. 5313-57 et R. 5313-61.