Les immeubles remis en jouissance aux ports autonomes par application de l'article R. 5313-6 ne peuvent faire l'objet d'un déclassement, d'une affectation ou d'un transfert de gestion à une collectivité autre que le port autonome, d'une aliénation, que dans les conditions et suivant la procédure prévue par la réglementation applicable aux biens de l'Etat. Toutefois, les aliénations peuvent dans tous les cas être faites à l'amiable et, lorsque la valeur vénale excède le montant fixé en application de l'article R. 3211-6 du code général de la propriété des personnes publiques, après autorisation du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé du domaine.

Le produit de la vente ou éventuellement l'indemnité de changement d'affectation est encaissé par l'Etat. Toutefois, la fraction du prix ou de l'indemnité correspondant à la plus-value apportée à l'immeuble par les aménagements réalisés depuis sa remise au port autonome, instituée en vertu du présent chapitre, ou au port autonome ancien auquel il est substitué, est répartie entre l'Etat et le port proportionnellement à leur participation respective au financement de ces aménagements. La valeur de la plus-value est calculée au jour de la vente et la répartition est fixée par décision conjointe du ministre chargé du domaine et du ministre chargé des ports maritimes pour les cessions d'immeubles dont la valeur vénale excède le montant défini en application de l'article R. 3211-6 du code général de la propriété des personnes publiques, par décision conjointe du directeur du port autonome et du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques dans les autres cas.