Le directeur est l'agent d'exécution du conseil d'administration dans toutes les matières qui sont de la compétence de cette assemblée. Il exerce les attributions qui lui sont déléguées en application de l'article R. 5313-33.
Il rend compte au président du conseil d'administration des décisions qu'il a prises par délégation de ce conseil.

En se conformant aux lois, règlements généraux ou spéciaux à certaines catégories d'agents ainsi qu'aux conventions en vigueur, le directeur nomme à tous les emplois du port, gère, révoque et licencie le personnel, remet à la disposition de leur administration d'origine les fonctionnaires placés dans la position de service détaché et fixe la rémunération du personnel dans les limites arrêtées par le conseil d'administration, sous réserve de l'observation des règles de tutelle.
Le directeur représente le port autonome de plein droit devant toutes les juridictions et pour tous les actes de la vie civile.
Il a la faculté de conclure des transactions dans les conditions prévues par les articles 2044 et suivants du code civil et par le règlement intérieur du conseil d'administration. Les transactions sont subordonnées à l'accord préalable du commissaire du Gouvernement et de l'autorité chargée du contrôle économique et financier. Lorsque leur montant est supérieur à 100 000 €, elles sont également subordonnées à l'accord préalable du conseil d'administration.
Le directeur procède aux achats et passe les marchés ou traités.
Le directeur assure la gestion financière du port autonome ; il est ordonnateur principal du port. Des ordonnateurs secondaires peuvent être institués, sur sa proposition, par décision conjointe du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé des finances. Il tient la comptabilité de l'engagement des dépenses. Il émet les ordres de recettes et de dépenses qu'il transmet à l'agent comptable.
Le directeur détermine, dans les limites fixées par le conseil d'administration, l'emploi des fonds excédant les besoins de la trésorerie et le placement des réserves.

Le directeur exerce, dans la limite de la circonscription du port, une action générale sur tous les services publics en ce qui concerne les affaires qui intéressent directement l'exploitation du port.
Les conditions dans lesquelles s'exerce cette action sont précisées, pour les services publics dépendant d'un département ministériel autre que celui des ports maritimes, par un arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre intéressé.
Le directeur correspond directement avec les ministres pour les affaires entrant dans leurs attributions et intéressant l'établissement maritime sans être de la compétence du conseil d'administration. Il adresse ampliation au ministre chargé des ports maritimes de la correspondance échangée avec les autres ministres.

Le directeur peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents de l'établissement.

En cas d'absence, le directeur est remplacé dans ses fonctions par un cadre supérieur de l'établissement portuaire désigné à l'avance par le ministre chargé des ports maritimes après avis du conseil d'administration.
Au cas où l'absence se prolongerait, un directeur intérimaire pourrait être désigné par décret pris sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes soit sur l'initiative de ce dernier après avis du conseil d'administration, soit sur l'initiative du conseil d'administration lui-même.