Le décret en Conseil d'Etat prévu à l'article L. 5313-3 et déterminant la circonscription du port autonome est pris sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes, du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé de l'économie.

Le ministre chargé des ports maritimes, en même temps qu'il soumet à l'avis des ministres mentionnés à l'article R. 5313-1 le projet de décret portant création du port autonome, engage la procédure d'instruction préalable à la détermination de la circonscription du port.
Le préfet du département du port principal établit, sur proposition du directeur du port autonome existant ou du directeur du port intéressé, le dossier à soumettre à l'instruction.
Ce dossier comporte une notice indiquant :
1° Les limites de circonscription du futur port autonome ;
2° S'il y a lieu, la date à laquelle le régime de l'autonomie défini par le présent chapitre sera substitué au régime d'autonomie précédemment en vigueur ;
3° Si la circonscription du port autonome à créer englobe un ou plusieurs ports, la liste des conseils portuaires qui doivent être consultés ;
4° La liste des collectivités publiques, des services et établissements publics intéressés à consulter. Les collectivités publiques intéressées sont les régions, les départements, les communes et les établissements de coopération intercommunale compétents en matière d'aménagement de l'espace sur le territoire desquels s'étend la circonscription du port autonome ;
5° Un plan indiquant le périmètre de l'établissement autonome tant du côté de la mer que du côté des terres.

Le dossier est soumis sans délai avec un rapport justificatif à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci invite le préfet à procéder à l'instruction, sans consultation de la commission nautique locale.
Le préfet adresse, dans le délai maximum de quinze jours après clôture de l'instruction, son rapport avec le dossier au ministre chargé des ports maritimes et au préfet de région.

Les limites de la circonscription d'un port autonome peuvent être modifiées sur proposition du conseil d'administration par décret en Conseil d'Etat dans les conditions prévues à l'article R. 5313-2 et selon la procédure d'instruction définie ci-après.
Le directeur du port autonome établit un dossier à soumettre à l'instruction qui comporte :
1° La description des limites futures de circonscription du port et la justification des modifications envisagées ;
2° Un plan sur lequel figure le périmètre de l'établissement autonome, tant du côté de la mer que du côté des terres, faisant apparaître les modifications qu'il est envisagé d'apporter aux limites existantes ;
3° La liste des collectivités publiques, des services et établissements publics intéressés.
Le dossier, après accord du conseil d'administration, est soumis sans délai à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci invite le directeur du port autonome à procéder à l'instruction, sans consultation de la commission nautique locale ni ouverture d'une instruction mixte.
Dans le délai de quinze jours suivant la clôture de l'instruction, le directeur du port autonome adresse le dossier, complété par les avis émis et, à défaut, les justificatifs des consultations, et le rapport d'instruction au ministre chargé des ports maritimes et au préfet de région.